آموزش آنالیز RNAseq با سرور Galaxy

در دهه‌های اخیر با توالی‌یابی ژنوم و ترنسکریپتوم موجودات مختلف و تولید حجم عظیم دیتای خام حاصل از آن‌ها، یادگیری روش‌های تجزیه‌وتحلیل این داده‌ها توسط زیست‌شناسان، اهمیت افزونی پیدا کرده به‌طوری‌که در حال حاضر موفقیت‌های آکادمیک و تحقیقاتی در حوزهٔ بیولوژی و تقویت رزومه در راستای آن‌ها، علاوه بر تسلط بر تکنیک‌های آزمایشگاهی و درک مفاهیم بنیادین، مستلزم تسلط بر روش‌های بیوانفورماتیکی که از جملهٔ آن‌ها آنالیز داده‌های RNAseq است، می‌باشد.

 کاربردهای RNAseq

 در حال حاضر آنالیز داده‌های RNA sequencing یکی از کارآمدترین و پرکاربردترین روش‌های مطالعهٔ جامع پدیده‌های زیستی است. این آنالیز امکان مقایسهٔ پروفایل بیان ژنی بین سمپل‌های مختلف زیستی را فراهم می‌کند و به این وسیله محققان حوزهٔ زیست‌شناسی را به یافتن الگوهای تغییر بیان ژن‌ها و مسیرهای درون‌سلولی در اثر تغییر شرایط محیطی یا بیماری‌ها و در پی آن به درمان بیماری‌ها قادر می‌سازد. همچنین یافتن بیومارکرهای جدید برای بیماری‌ها از دیگر کاربردهای RNAseq می‌باشد.

 مزیت این دوره بر سایر دوره‌های آنالیز داده‌های RNAseq

 آنالیز داده‌های خام RNAseq نیازمند داشتن دسترسی به سیستم‌های محاسباتی قدرتمند (سرور و یا لپ‌تاپ قدرتمند)، کدنویسی با لینوکس ونرم افزار R یا پایتون می‌باشد. اما استفاده از سرور قدرتمند نیازمند پرداخت هزینه است و دسترسی به آن همیشه مقدور نیست و همچنین زیست‌شناسان معمولاً امکان صرف وقت کمتری برای یادگیری کدنویسی دارند؛ بنابراین در این آموزش ما برای این کار از سرور گلکسی استفاده می‌کنیم که به‌صورت free سیستم محاسباتی باقدرت بالا را در اختیار عموم قرار می‌دهد و توسط رابط کاربری که ایجاد می‌کند امکان آنالیز RNAseq بدون کدنویسی را برای زیست‌شناسان فراهم می‌کند.

 مخاطبین این دوره چه کسانی می‌باشند؟

 یادگیری آنالیز RNAseq دری از مطالعات بیان ژن را به روی محققان تمامی گرایش‌های زیست‌شناسی (سلولی و مولکولی، ژنتیک، میکروبیولوژی، ایمنی‌شناسی، بیوشیمی، علوم جانوری و گیاهی، فیزیولوژی، انگل‌شناسی و…) می‌گشاید و آن‌ها را به نوشتن مقالات علمی در این زمینه و تقویت رزومه ی بین‌المللی قادر می‌سازد